土方开挖的深度一般是从自然地坪标高算到混凝土垫层底。

在做预算时，如果没有自然地坪标高的数据，可以从室外地坪标高算到混凝土垫层底。

特殊情况下，例如对软弱地基进行换填灰土垫层时，土方开挖的底标高要算到灰土垫层底。

具体要根据工程的实际情况确定。